Oddziały UÇK rozpoczęły wojnę partyzancką, przeprowadzając serię ataków partyzanckich na serbskie siły porządkowe, reprezentantów władzy oraz zamachów terrorystycznych wycelowanych w domniemanych kolaborantów. W tej sytuacji w 1998 na pomoc serbskiej policji przyszła regularna armia jugosłowiańska, przeprowadzając szeroko zakrojoną akcję zbrojną, wymierzoną w UÇK. W przeciągu następnych kilku miesięcy zginęły setki ludzi, a około 200 tysięcy uciekło z miejsca zamieszkania; większość z nich stanowili Albańczycy. Z drugiej strony, przemoc Albańczyków skierowana była również wobec Serbów - raport UNHCR z marca 1999 informuje, że zostali oni usunięci z około 90 wiosek na terenie prowincji. Serbowie przemieszczali się do innych części prowincji lub decydowali się na ucieczkę do Serbii. Jugosłowiański Czerwony Krzyż szacuje, że w opisywanym okresie z miejsca zamieszkania uciekło około 30 tysięcy nie-Albańczyków.

W wyniku odrzucenia przez Serbów planu, przygotowanego przez Grupę Kontaktową na konferencji w Rambouillet, 24 marca 1999 r. wybuchła wojna. Atak NATO, któremu nadano nazwę „Sojusznicza siła” (Allied Force) składał się z kilku faz, które obejmowały szereg operacji zmierzających do uzyskania pełnej kontroli nad terytorium Kosowa. Rozkaz rozpoczęcia nalotów uzależniony był od decyzji politycznych i militarnych Rady Północnoatlantyckiej. Operacja Allied Force podzielona została na fazy:

ONZ szacuje, że w czasie działań wojennych na terenie Kosowa, w okresie od marca 1998 r. do kwietnia 1999 r., z rejonu tego uciekło lub zostało przeniesionych około 340 tysięcy Albańczyków. Większość z nich udało się do Albanii, Czarnogóry i Macedonii. Siły rządowe niszczyły dokumenty tożsamości uciekającej ludności. Działania te określane są dziś mianem czystki tożsamości. W znacznym stopniu utrudniły one identyfikację i kontrolę powracających po wojnie ludzi. Strona serbska twierdzi, że od czasu zakończenia wojny, na teren Kosowa przeniosło się około 300 tysięcy ludzi, podających się za byłych mieszkańców regionu. Z racji braku spisów śmierci i narodzin, sprawa nie może być rozstrzygnięta.

Materialne straty poniesione w przeciągu 11 tygodni bombardowań oceniono na większe od tych poniesionych podczas II wojny światowej. Serbscy ekonomiści z tzw. G-17 oszacowali szkody spowodowane nalotami NATO na łączną kwotę 1,2 mld dolarów, zaś straty ekonomiczne na około 29,6 mld dolarów, choć oficjalne źródła rządowe mówią nawet o 200 mld dolarów.

Po zakończeniu działań wojennych w 1999, albańskie siły UÇK rozpoczęły prowadzenie czystek etnicznych na terenie Kosowa. Akcja obejmowała niszczenie serbskich i romskich wiosek, świątyń i pomników. W wyniku przeprowadzonych akcji 300 tysięcy Serbów i Cyganów zostało wypędzonych, reszta pozostała w nielicznych, strzeżonych przez NATO KFOR enklawach. Albańska UÇK doprowadziła do zniszczenia ponad 150 świątyń prawosławnych (z których najstarsze pochodziły z XII wieku, niektóre były zabytkami uznanymi przez UNESCO za światowe dziedzictwo kultury - np. klasztor w Dechani ostrzelany z moździerza).

W 2004 roku miały miejsce tzw. pogromy marcowe. 17-18 marca 2004 roku, pod egidą władz UÇK i ASRH, miały miejsce pogromy Serbów. Zorganizowane bandy albańskie (niektóre liczące ponad 3000 osób), pomimo ochrony KFOR-u wdzierały się na teren enklaw serbskich i dokonywały mordów i zniszczeń. Zgodnie z rozkazem, KFOR w pierwszej kolejności zapewniał bezpieczeństwo własnym żołnierzom, następnie ewakuował zagrożonych Serbów i Cyganów.